Implantado em 1999, o curso de Farmácia da Unochapecó já formou 08 turmas, totalizando mais de 340 profissionais egressos. Neste semestre o curso conta com 251  alunos matriculados, em nove períodos (do 1º ao 9º). Do total de alunos, 28 são calouros.

Atualmente o curso é coordenado pela professora Marinez Amábile Antoniolli, graduada em Farmácia pela UFSC, com posterior habilitação em Análises Clínicas e em Tecnologia de Alimentos, tem mestrado em Ciências dos Alimentos, cursado também na UFSC.

As aulas do curso de Farmácia são nos turnos vespertino e noturno. Anualmente são oferecidas 80 vagas, sendo 40 para cada semestre letivo. O graduado neste curso recebe o título de Bacharel em Farmácia.